Se inició el despegue industrial del azúcar, desplazando totalmente a los ingenios y fábricas preindustriales, aunque el crecimiento territorial del cultivo no se produjo hasta comienzos de la década de 1860 gracias también a las políticas proteccionistas del Estado.

Inicio de operaciones de la Fábrica del Pilar. El 14 de enero de 1882, se formalizaría la escritura de compra a favor de la Sociedad Burgos, Domínguez y García. Más tarde, en 1893, se haría con la propiedad completa la Marquesa de Esquilache, Doña Pilar de León y Gregorio.

El enérgico desarrollo de la industria azucarera en la costa de Granada y Málaga no fue ajeno a la desigualdad social propia de los lugares industriales. Los bajos precios impuestos a la caña por parte de propietarios y empresarios y la situación de carencia terminó por desesperar a jornaleros y trabajadores del campo que estallaron el 24 de abril de 1901 provocando el incendio de la Fábrica de Ntra. Sra. De la Cabeza, propiedad entonces de la familia Larios

El 4 de diciembre de 1903 se formalizó el acuerdo de venta de la Fábrica Nuestra Señora del Pilar (Motril) por parte de la marquesa de Esquilache a la Sociedad General Azucarera de España, que ostentaría la propiedad hasta el cierre definitivo de la factoría.

La primera estación desde el puerto de Motril estaba ubicada en esta fábrica azucarera, habiendo una distancia de 2.673 metros entre el puerto y la fábrica. En 1925 se proyectaría la construcción de un cable aéreo para transporte de mercancías (harina, cemento, azúcar y abono) en vagonetas que tenían una capacidad de carga de 700 kg cada una. Inaugurado en 1927, enlazaba el puerto de Motril con Dúrcal. Esta estación supuso una construcción de planta rectangular dentro del complejo fabril que se situaba a la izquierda de la entrada de la plaza de las cañas. El cable transitaba por el interior de la azucarera a la altura de las oficinas y la Plaza de las Cañas hasta que dejó de funcionar en 1950.

Se instaló un nuevo tren de molinos encargado a Fives-Lille de París, una nueva bomba de acción directa (vapor) de 550 litros por minuto, dos filtros mecánicos de jarabes Philippe nuevos, un secadero mecánico del azúcar sistema Vernon, un elevador de azúcar, una caldera de vapor Sterling y se construiría la nueva chimenea existente en la actualidad encargada a M. Jacobson, con una altura de 45 metros y unos 4 metros de diámetro.

Durante la Guerra Civil (1936-1939) la fábrica fue un punto estratégico de producción y militarizado, convirtiéndose una parte de sus instalaciones en siete refugios antiaéreos. Fue bombardeada el 26 de abril de 1937 muriendo quince personas y provocando el destrozo del conductor de cañas paralizando la producción durante diez días.

En 1953, la II Feria del Campo en Madrid tuvo carácter internacional. Allí se presentó en un pabellón de las provincias de Málaga, Granada y Almería, una maqueta que conseguía producir azúcar y representaba el proceso de producción a partir de la caña de azúcar.

En 1963 se inauguró la Empresa Nacional de Celulosa. Se instaló cerca del puerto de Motril impulsada por el excedente de bagazo. Este residuo de la caña en la obtención del azúcar se utilizaría para fabricar papel aprovechando el contenido de celulosa de sus fibras. Se acumulaba en montañas que se extendían por la zona de vega. Ha sido innegable la importancia de la fábrica en la sociedad local por la que han pasado más de tres mil trabajadores.

En un proceso controlado por empresa y cooperativa de agricultores de la caña, al llegar el producto a la fábrica, se le realizaban análisis, para conocer su composición, y pagar cada partida acorde a la calidad (contenido de sacarosa) que traían. El análisis se realizaba en el laboratorio que se encontraba en la Plaza de Cañas, con ayuda del puente de cata o «rupro», que tomaba las muestras de caña directamente de la carga del camión.

Llegan al puerto dos máquinas cortadoras de caña «Massey Ferguson» procedentes de Australia y compradas por la «Azucarera Montero». Su objetivo es suplir la falta de mano de obra debido a la emigración, pero no tienen éxito, ya que las pequeñas dimensiones de las fincas no permiten su aprovechamiento a pesar de los intentos fallidos de reunir propiedades de distintos agricultores.

La Fábrica del Pilar se convierte en escenario de la película de aventuras y acción Cuba, dirigida por Richard Lester y protagonizada por Sean Connery. Las ubicaciones y escenas de la película se rodaron en Jerez, Cádiz y Motril, concretamente en la Fábrica del Pilar y en las proximidades del Camino del Canal, en la zona de Monte Castillo conocida como la Era del Maíz, encima del cuartel de aviación.

Se constituye una nueva entidad mercantil, la Sociedad General Cañera S. A., cuya intención era paliar la escasa rentabilidad y las continuas pérdidas que arrastraban ambas fábricas. Esta sociedad adquiere los terrenos e inmuebles y proyecta obras para aumentar los rendimientos técnicos de explotación.

El 26 de septiembre de 1984 se celebra una asamblea general extraordinaria en la que se acepta el cierre de las instalaciones destinadas a la producción de azúcar, así como un expediente de regulación de empleo, por el que los trabajadores podrían ser reubicados en otros centros de la sociedad o en sus filiales, recibiendo vivienda gratuita en el nuevo centro, o una compensación económica de 15 000 pesetas.

En 1988 la comisión nacional que coordina la exposición “España, 200 años de Tecnología” como conmemoración del segundo centenario del fallecimiento del rey Carlos III, cuenta con Motril para mostrar la evolución de la tecnología en la industria española a lo largo de los dos últimos siglos.

Cuando se trabajaba en la Casa de la Palma en Motril, se descubrieron los restos arqueológicos de un ingenio azucarero en la parte trasera de la casa. Se construyó un museo en el que se incluyen réplicas de la maquinaria que se utilizaba para la producción de la caña de azúcar en la etapa preindustrial en Motril, el auge del cultivo de la caña de azúcar entre los siglos XVI- XVIII.

Cesión oficial de la fábrica para su reconversión en museo. El Ayuntamiento de Motril y la SGAE llegan al acuerdo de cesión de la Fábrica del Pilar para albergar el Museo Industrial de la Caña de Azúcar. Un año antes, en 1996, quedaba la maquinaria protegida gracias a su inscripción como BIC Bien de Interés Cultural, en el Catálogo General del Patrimonio Histórico Andaluz, iniciando así el camino para su transformación en museo.

Primeras fases de restauración y montaje de exposiciones en Almacén de Azúcar y Casa del Ingeniero. Entre 2005 y 2008 se llevan a cabo obras de consolidación y limpieza del recinto que permitirán avanzar progresivamente en la activación del conjunto de los edificios y nuevos usos.

Se inaugura el Almacén de Azúcar como espacio expositivo y polivalente en donde se desarrollan actividades muy relevantes para el futuro Museo. Es el primer edificio del conjunto en activarse permitiendo la incorporación de la fábrica a la actividad cultural de la ciudad.

El Legado Andalusí, la Junta de Andalucía y el Ayuntamiento de Motril organizan una Exposición con más de 350 elementos entre las cuales se incorporan ya las primeras piezas originales restauradas pertenecientes a la maquinaria de la fábrica.

El Pleno municipal aprueba por unanimidad el Plan Director del Museo Industrial del Azúcar y ya se dispone de documento avalado para gestionar las acciones y los recursos necesarios para la materialización del museo.

En la antigua capilla y caballerizas del recinto fabril arranca la nueva Cafetería-restaurante del Museo. Para ello, se contó con la participación público-privada.

La antigua Casa del Ingeniero se convierte en Sede Institucional de la Fábrica del Pilar.

Finalizan las obras que permiten la visita a la Nave del Tren de Molinos y Plaza de Cañas, iniciando así la actividad museística en la fábrica.